Được thành lập ngày 17/9/1987 theo Quyết định số 183/QĐ-TM ngày 17/9/1987 của Tổng Tham mưu trưởng trên cơ sở Ban Kiến thiết công trình 75325.

Thời kỳ đầu mang tên Ban Quản lý công trình nhà ở Nghĩa đô, thuộc Học viện Kỹ thuật quân sự, sau nhiều lần đổi tên, ngày 15/9/2003, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 191/2003/QĐ-BQP đổi tên thành Công ty Đầu tư phát triển nhà và Đô thị-BQP. Sau nhiều lần điều chuyển từ Học viện Kỹ thuật Quân sự về Tổng cục Chính trị, rồi Tổng cục Hậu cần

Ngày 31/3/2005, Bộ trưởng BQP ra Quyết định số 36/2005/QĐ-BQP, điều động Công ty về trực thuộc Bộ Quốc phòng, chịu sự chỉ huy chỉ đạo trực tiếp của Thủ trưởng Bộ Quốc phòng, về hành chính quân sự trực thuộc Bộ Tổng tham mưu. Là doanh nghiệp quốc phòng, an ninh theo quyết định số 206/2008/QĐ-BQP ngày 31/12/2008 của Bộ trưởng BQP.

Ngày 3/10/2009 Bổ trưởng Bộ Quốc phòng Việt Nam ra Quyết định số 3575/QĐ-BQP chuyển Công ty Đầu tư phát triển nhà và đô thị Bộ Quốc phòng thành Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên đầu tư phát triển nhà và đô thị BQP.